Las plantas y animales representados en los dibujos del códice se reparten de forma desigual entre el Viejo Mundo y América. Los procedentes del primero pueden distribuirse a su vez entre especies propias de la Europa occidental y mediterránea, y exóticas o «peregrinas», es decir, del Próximo Oriente y de zonas más lejanas de Asia y África. Por ejemplo, entre los animales del Viejo Mundo hay varios mustélidos y numerosos paséridos europeos, un cisne vulgar –especie de la que sabemos se habían traído muchos ejemplares de Flandes al jardín de Aranjuez– y aves tan típicas de la Albufera valenciana como las que en el códice se denominan «Foja» , «Corriolet de riu» y «Camiluenga»; pero, junto a ellos, figuran otros exóticos, como la jineta del Senegal ,la pintada o gallina de Guinea,el «mico tartarín», el rinoceronte o «bada», el morito o «ibis negra»  y los grandes lagartos de las palmeras y de las arenas, que en el códice se llaman «cocodrilos terrestres», expresión empleada por vez primera por Heródoto. 

Algo parecido sucede con las plantas del Viejo Mundo. Las más numerosas son las europeas, en su mayor parte de carácter medicinal, aunque también hay otras «de adorno», como tres tipos de narciso y cinco de tulipanes. Como es sabido, la mayoría de estos últimos procedían de Asia Menor y desde mediados del siglo XVI fueron intensamente cultivados por los jardineros de los Países Bajos, de donde vinieron a Aranjuez y los otros «sitios reales». Sin embargo hay también especies vegetales exóticas o «peregrinas», como el «malabatrum» y la «caña fístola» de la India, el sicomoro afroasiático y el «castaño caballar», nativo del Cáucaso y los Balcanes e introducido en la Europa occidental durante la segunda mitad del siglo XVI. Por otra parte, el códice incluye dibujos de siete animales y de veinticinco plantas procedentes de América, a los que hay que añadir el de la célebre «ave del paraíso» que, aunque nativa de Indonesia, figuró entre las especies estudiadas por la expedición de Francisco Hernández de Toledo.

Muchos de los dibujos del códice tienen las características típicas de producción de Jacopo Ligozzi (1547-1626). Pintor de cámara en la corte florentina, en especial en la época de Francesco I. Ligozzi debe su celebridad a una amplísima serie de pinturas de plantas y animales, hoy conservadas en su mayor parte en los Uffizi, de Florencia y en el Museo Ulisse Aldrovandi, de Bolonia, ya que colaboró también en las ilustraciones de las obras botánicas y zoológicas de este gran naturalista.  La dependencia política y militar toscana del imperio de los Austrias en tiempos de Felipe II y las conocidas relaciones científicas y artísticas mantenidas entonces entre los Médicis y la corte española ofrecían un sugestivo marco a esta coincidencia. Sobre todo si se tenía en cuenta el interés, que por la flora y fauna americana, y por la expedición Hernández en concreto, tuvieron Francesco I y Aldrovandi, reflejado en la correspondencia entre ambos.  Sin embargo, un estudio detenido de la cuestión no solamente ha descartado la presencia de Ligozzi en la corte de Felipe II, sino que ha demostrado que puede excluirse su autoría directa de los dibujos del Códice de Pomar.

Reducida la obra de Ligozzi a una mera semejanza de estilo, o quizá a una influencia, el autor o autores de los dibujos del códice hay que situarlos en el numerosísimo grupo de artistas italianos que, como es sabido, vinieron a El Escorial en torno a 1580. Más que de los pintores que trabajaron en los frescos y óleos de los claustros, capítulos, iglesias, aulas y biblioteca, resulta muy probable que fueran obra de uno o varios de los miniaturistas y dibujantes que trabajaron en el «escriptorio» escurialense. Buena parte de los animales y plantas fueron, sin duda, pintados del
natural, de los ejemplares existentes en los jardines y colecciones zoológicas reales, sobre todo los de Aranjuez. En cambio, los procedentes de la expedición Hernández fueron copiados de los dibujos realizados en la misma que figuraban en los quince volúmenes entregados por el naturalista toledano a Felipe II y que, según el testimonio de José de Sigüenza, estaban en la biblioteca de El Escorial «encuadernados hermosamente, fuera de lo que en esta librería se ha usado, cubiertos y labrados de oro sobre cuero azul, manezuelas, cantoneras y bullones de plata muy gruesos y de excelente labor».  El aprecio que Felipe II tenía por los dibujos de la expedición científica a Nueva España se demuestra por el hecho de que en la antecámara de su aposento privado hubiese cuadros con «retratos del natural de muchas cosas que se ven en nuestras Indias», entre ellas, numerosos animales y plantas estudiadas por Hernández.

Facsímil en Catálogo Fama

Original consultable en línea en Somni. Universitat de València.